حضرت خضر از فرزندان سام بن نوح و پسر خاله ى ذوالقرنین است. نامش بلیا بن ملکا و کنیه اش ابوالعباس و لقبش خضر مى باشد. در وجه نامگذارى حضرت خضر نوشته اند: هر جا گام مى نهاد، زمین از قدومش سر سبز (خضر) مى شد; از این رو او را «خضر» نامیدند. بعضى نام او را یسع و برخى الیاس گفته اند و از همین جا این تصور پیدا شده که ممکن است الیاس و خضر نام یک نفر باشد، ولى مشهور و معروف میان مفسران و راویان حدیث همان نام اول (بلیا یا ملکان) است. همه ى مورخان بر این باورند که حضرت خضر آب زندگى (حیات) نوشید و عمرى جاودانه یافت. در روایتى از امام رضا(علیه السلام) آمده است که فرمود: «همانا خضر از آب حیات نوشید و تا زمانى که نفخ صور مى شود، نخواهد مرد… .»

نوشته اند که پدرش از پادشاهان عصر بود و جز او فرزندى نداشت. خضر همواره در اتاقى به عبادت مشغول بود; پدر بیم داشت که مبادا نسل او قطع شود; لذا او را به ازدواج زنى در آورد، ولى او همنشینى زن اختیار نکرد. پدرش (ملکان) همسران او را که انتخاب مى کرد، به وسیله قابله ها بازرسى نمود; قابله ها دانستند که هیچ گونه توجهى به زنان نکرده است; از این رو در شهر شایع شد که خضر حالت زنانه دارد; پدرش از او بر آشفت و او را زندان کرد، او هم فرار کرده و نزد ذوالقرنین (دانشمند الهى که داراى قدرت و امکانات بود) رفت و یکى از صاحب منصبان و رئیس وسایط نقلیه او شد. 

قرآن کریم در سوره ى کهف از آیه ى 60 تا 82، داستانى از حضرت موسى(علیه السلام) و همراه (دوست یا استاد) وى نقل مى کند که در آن نامى از «خضر» نیامده است، بلکه از هم سفر موسى(علیه السلام) به «بنده اى از بندگان ما که مشمول رحمت الهى گشته و از علمى لدنى برخودار شده است» یاد مى کند. در روایات متعددى این دانشمند الهى به نام «خضر» معرفى شده است 

بر اساس آیات سوره ى کهف، او به باطن و نظام تکوینى جهان مأمور و از پاره اى از اسرار آگاه بود و سمت استادى حضرت موسى بن عمران را داشت،، هر چند حضرت موسى(علیه السلام) در برخى از جهت ها بر او مقدم بود. 

در احادیث معتبر آمده است که پس از رحلت رسول خدا(صلى الله علیه وآله) حضرت خضر به خانه ى امیرالمؤمنین(علیه السلام)آمد و به اهل بیت آن حضرت تسلیت گفت، و همچنین به استقبال پیکر امیرالمؤمنین على(علیه السلام) آمد و حسنین(علیهما السلام)را تسلیت گفت و به قبر مهیا شده توسط نوح(علیه السلام)، راهنمایى کرد. و نیز آمده است که او در تنهایى دوران غیبت امام زمان(علیه السلام)، مونس ایشان است.

نوشته اند که منزل او بیشتر، مسجد صعصعه و مسجد سهله (در کوفه) هست.

اما در مورد پیامبرى او اختلاف است. علامه ى مجلسى از سید مرتضى علم الهدى نقل مى کند که ایشان فرموده اند: ممکن نیست معلّم حضرت موسى(علیه السلام) پیامبر نبوده باشد. علامه ى طباطبایى نیز از روایات استنباط مى کنند که ایشان پیامبر بوده اند;لیکن روایات متعددى وجود دارد که این مرد عالم، پیامبر نبوده بلکه دانشمندى همچون ذوالقرنین و آصف بن برخیا بوده است